被子植物和裸子植物属于不同的植物类群，它们有以下不同之处：
1. 被子植物的种子被包覆在种皮内，形成种子果，而裸子植物的种子通常裸露在外，形成球果或松果等。
2. 被子植物的花部分较为复杂，包括花瓣、花萼等，而裸子植物的花部分较为简单，通常只有雄蕊和雌蕊。
3. 被子植物具有更为复杂的根、茎和叶，通常具有深层次的分化和结构。而裸子植物的根、茎和叶相对简单，通常只能进行基本的物质代谢和功能实现。
4. 被子植物的种类更加丰富，包括大多数常见的植物，如花卉、果树、草本植物等。而裸子植物则包括了一些较为特化和局限性较强的种类，如松、云杉、柏等。
综上所述，被子植物和裸子植物在种子结构、花部分、器官复杂程度和物种丰富度等方面存在明显的不同。
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