本发明属于生物工程领域,涉及一种生产阿卡波糖的工程菌以及该菌的制备方法和应用。所述阿卡波糖工程菌是产阿卡波糖的游动放线菌或其衍生菌株,其中以下一个或两个基因失活:(i)编码序列如SEQ ID NO:2所示或与SEQ ID NO:2所示序列有至少80%、90%、95%或99%序列同一性的多肽的基因M;(ii)编码序列如SEQ ID NO:3所示或与SEQ ID NO:3所示序列有至少80%、90%、95%或99%序列同一性的多肽的基因N。利用本发明的阿卡波糖工程菌生产阿卡波糖,产品中杂质A组分和/或B组分的含量显著降低,保证了产品质量,不需后续提纯步骤或提纯步骤相对简单,减少工艺步骤,降低了成本。