本发明属于海藻分子遗传学领域,具体涉及一种海带配子体性别鉴定方法。其特征是:海带雌配子体和雄配子体特异性分子标记各一个,分别命名为SJF和SJM,其核苷酸序列分别为SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6。SEQ ID NO:5由引物Sf序列SEQ ID NO:3扩增得到;SEQ ID NO:6由引物Sm序列SEQ ID NO:4扩增得到。本发明是通过检测上述的特异性片段来完成的;其步骤包括待检测的海带配子体基因组DNA的提取、PCR扩增、扩增产物的琼脂糖凝胶电泳检测。综上所述,本发明可以明确的鉴定出海带配子体是纯雌、纯雄或雌雄混杂,弥补了现有技术的不足。