本发明公开了一种水稻抗褐飞虱基因BPH3基因型鉴定的特异性分子标记引物及其应用,包括BPH3‑RF、BPH3‑RR、BPH3‑SF、BPH3‑SR,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:4所示。该方法以待检测水稻的基因组DNA为模板,用4条引物序列BPH3‑RF、BPH3‑RR、BPH3‑SF、BPH3‑SR进行PCR扩增,如该待测水稻扩增产物大小为348bp的条带,则该待测水稻为含BPH3基因的候选抗褐飞虱水稻。该方法可用于选育抗褐飞虱水稻,缩短抗褐飞虱水稻的育种周期,加快育种速度,降低育种成本,具有操作简单,成本低廉,周期短等优点。