本发明提供水稻抗褐飞虱基因BPH6共显性分子标记及其应用,所述分子标记为含有如SEQ ID NO.1所示的第188位的多态性为T/C的核苷酸序列,和/或,为含有如SEQ ID NO.1所示的第4438~4445位的多态性为5’‑CGAAACAC‑3’/5’‑TGCAGGGG‑3’的核苷酸序列。针对所述分子标记设计特异性扩增引物,利用PCR扩增进行BPH6基因型的检测。本发明提供的BPH6的分子标记及其扩增引物可用于鉴定水稻BPH6的基因型,选育抗褐飞虱水稻资源,具有鉴定准确性高、操作简单、成本低廉等优点,能够缩短抗褐飞虱水稻的育种周期,降低育种成本。