一种双温区冷藏机组控制器,控制器包括控制面板单元和ECU电控盒单元,其中控制面板单元包括微控制器A、电源模块A、显示屏、按键,与微控制器A分别控制连接RTC时钟电路、FLASH存储器、USB模块、CAN通讯模块A;ECU电控盒单元包括微控制器B和与之连接的电源模块B、保险丝熔断检测模块、温区Ⅰ库温检测模块、温区Ⅱ库温检测模块、除霜继电器、压缩机继电器、冷凝风机继电器、温区Ⅰ蒸发风机继电器、温区Ⅱ蒸发风机继电器、CAN通讯模块B。本实用新型能够实现多温区智能化显示、设置、控制和监测,控制面板同时具备库温数据记录、实时时钟、USB读写,方便对制冷机组运转情况进行分析监控,ECU电控盒具备保险丝熔断故障检测功能,为后期检修维护带来极大便利。