主要展馆
南馆
通史陈列，以“最忆是杭州”为主题，系统地展示了杭州历史发展、文脉传承、人文精神的叙事性展览，以城为主体，以史为脉络，以人为线索，以“感受杭州”为核心,展览借助“城、史、人”的结合，塑造了杭州的整体个性，演绎着杭州的故事百态，洋溢着杭州的清新文艺，展现杭州八千年文明史和五千年建城史，集聚杭州城市历史文化内涵，精心营造文化惠民的亮点。
北馆
邮票陈列
杭州博物馆收藏有大量世界各国发行的珍稀邮票，邮票因此与杭州的历史文化结下了不解之缘。历年来中国邮政发行的杭州题材邮票，提炼了杭州特有的自然、人文主题，是杭州城市的名片。
书画陈列大屏幕
LED屏展示了杭州西湖的美景。步入展厅可见中国杭州地区明清至民国初年著名书画家的作品。
文房雅玩陈列
文房书斋，乃雅思神交之地；文房雅玩，是明澈练达的智慧趣味所在，是中国传统文化的一种体现，也是杭州历史文化内涵的表现形式之一。文房雅玩一向典雅而华贵，充满雅逸精致之美，是中国文人的人文精神与艺术品位的象征。以中国文人所倡导的“小器大样”、“格物致知”的思想为指引，以精美珍贵的文房雅玩为载体，弥合着中国传统文化中的高贵精神与儒雅品质。文房用具、文房珍玩、金石印章、名家手札、明清家具中可以窥得中国古代生活的时尚与细节，还原文人高仕的风流与蕴藉，将优雅传统延续带当下现代生活中，重构杭州经典生活意象。
出土文物精品
在“物华天宝——杭州出土文物精品陈列”中陈列的历年来杭州考古发掘成果，揭示了饱含历史底蕴的地下遗迹，展示了值得珍藏的地下文物，让观众在直面岁月长河留下的串串足迹之余，逐渐厘清城市记忆，在古代与当代之间架设起连接的桥梁，供社会公众品读、思索，让杭州的文化遗产得以共享并永续流传。
机动展厅
该展厅有点七巧板、魔方和电影《盗梦空间》的味道，像可以合拢分开的餐厅包厢，展览面积达1500平方米，空间可以最大程度地组合、变幻。
馆藏文物
综述
杭州博物馆，馆藏规模已逾万件，涵盖了陶瓷、书画、善本、碑帖、印谱、玉石、青铜、金银、印章、竹木牙骨、民俗、钱币、邮票、书籍等各类文物及资料、标本。库房建筑和保管设备均达到安全、坚固、适用要求，库区配备有恒湿恒温系统对馆藏文物的保护。藏品储存设备包括柜体、排架、囊盒、布套等均严格按照藏品保存要求设计并制作。
自史前的跨湖桥文化、良渚文化，到历史时期的吴越文化、南宋文化、明清文化等，杭州悠久的历史造就了丰厚的历史文化遗产，形成了完整的文化发展序列。
镇馆之宝战国水晶杯，2002年已被国家文物局列入64件（组）首批禁止出国（境）展览的珍贵文物名录。杭博其它文物门类的收藏亦颇为可观。良渚史前文化的玉器；古越国的青铜器；越窑、龙泉窑青瓷；宋代官窑瓷器、花鸟扇面；元代青花观音像、鲜于枢墓葬出土文房用具；明清玉器、浙派、武林画派的书画作品等。
精品
鎏金银盖罐
年 代：明代（公元1369年~公元1644年）
尺 寸：通高15.5cm、腹径17.5cm
来 源：杭州净慈寺出土
该盖罐为银质，带盖，钮为瓶状，通体并鎏金，装饰重瓣覆莲。罐身形似花蕾，堑重瓣仰莲纹；足向外撇；内环底，外饰一圈覆莲纹。
铜熏炉
年 代：明代（公元1368年~公元1644年）
尺 寸：通高48.5cm
来 源：杭州市昭庆旧址出土（1944年）
紫铜，方圆形，由盖、炉身、底座三部分组成。狮形纽盖，盖身雕云龙纹，炉耳及四足均由张口的狮首和卷曲的狮舌构成。足底有榫，可与底座衔接。座顶部阴刻云龙纹。
青铜人物烛台
年 代：明代（公元1368年~公元1644年）
尺 寸：通高64.5cm
来 源：杭州市昭庆旧址出土（1944年）
由插、童子、座组成。童子上身赤裸，佩项饰，背负花口瓶，上插荷叶形烛台，手呈持物状。下身着裙，足蹬高靴，立于水纹托起的平台上，前方左右各立一瑞兽。
青铜剑
年 代：战国（公元前475年~公元前221年）
尺 寸：通长49.1cm
来 源：余杭区吴山乡出土
由剑身和剑把两部分组成，每个部位各有其专名：剑身部分，前端的尖突称作“锋”，中央一条凸起的棱称作“脊”，“脊”两旁称“从”，“从”两面的刃称为“锷”，合“脊”与两“从”称为“腊”。剑把部分，圆形或扁形的把称作“茎”，“茎”和“腊”连接处呈凹字形或中间条形物起护手作用的，称为“格”。
