昌吉恐龙馆始建于2009年，2012年5月18日正式开馆，是新疆目前建成的唯一的恐龙主题博物馆。馆内陈列在新疆地区发掘的亚洲最大的恐龙—中加马门溪龙、霸王龙的祖先—五彩冠龙、大型兽脚类恐龙—中华盗龙、亚洲最大的剑龙类—准噶尔将军龙、最早有喙的兽脚类恐龙—难逃泥潭龙骨骼化石和蜥脚类、兽脚类、甲龙类、剑龙类以及古生物骨骼化石100多块，其中周游日本、韩国、欧洲和北京的亚洲最大的恐龙-中加马门溪龙化石以其珍贵的学术研究价值成为镇馆之宝。
恐龙馆主要分为科普教育区、科普互动区、学术研讨区、商务交流区四个区，其中科普教育区主要展示在新疆挖掘的中加马门溪龙、江氏单脊龙、苏氏巧龙、戈壁克拉美丽龙、董氏中华盗龙，以及在准噶尔盆地和吐鲁番盆地采集的大量的脊椎动物化石，如古鳕类、叉鳞鱼、假鳄类、水龙兽、肯氏兽、恐龙、龟鳖类、桃树园吐鲁番鳕、六道湾乌鲁木齐鲵、博格达吐鲁番兽头骨、准噶尔翼龙头骨等化石和小新疆猎龙、乌尔禾龙化石100多块；科普互动区主要有4D电影院、3D影院，高科技手段的与恐龙互动游戏；学术研讨区主要有能容纳60人的国际会议交流中心、能容纳20人的贵宾室，有近2000平方米可进行各种学术研讨的临展区以及在一层后厅设立了近600平方米的纪念品超市商务区。
2015年6月1日至10月15日，在昌吉恐龙馆举办的新疆昌吉首届恐龙化石展上，不但能参观昌吉本地的恐龙化石，四川自贡恐龙博物馆26件展品将在此展出；展出期间，主办方还将针对青少年举办一系列的科普知识活动。
四川自贡有着“恐龙之乡”的美誉，此次展出的自贡恐龙博物馆26件展品包括恐龙化石、恐龙模型、仿真机械恐龙等。其中包括化石骨架较为完整的天府峨眉龙、李氏蜀龙。四川巨棘龙、自贡四川龙、长头狭鼻翼龙、多齿何信禄龙、鹦鹉嘴龙等恐龙化石也将参加此次展出。
