五源河湿地地理位置优越，水资源充足，森林茂盛，鸟类有着优越的生存空间。但由于种类和数量季节性变化大，冬季境内均呈现出鸟类种类和数量的高峰期。这与这里的河流湿地、湖泊、淡水泉以及水稻田等湿地类型丰富有直接关系。此外，湿地苦楝树、小叶榕等，乔木和灌丛也较为稠密，适于小型猛禽、攀禽、鸣禽栖息和繁殖。
湿地内的山雀科、杜鹃科等10余科鸟类大多数是食虫鸟，占鸟类较大的比例；鹰科、隼科的7种鸟类都是食肉鸟；以植物种子为主食的雀科等鸟类尽管比例较少，且体型小，但数量庞大，繁殖量高。此外，还有一些以植物种子和果实为食的鸟类，在自然界的自然更新中也扮演着传播种子的角色。因此，鸟类的生态学作用极其重要。
由于具有良好的栖息场所和食物来源，五源河湿地的爬行类、两栖类和鱼类也十分丰富，据调查，已在这里发现爬行动物有4科8种，其中，壁虎科2种，鬣蜥科2种，石龙子科1种，游蛇科3种。所有爬行类均为《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物》物种。谷峰透露，大多数爬行类动物对人类都是有益的，对维持湿地生态系统的稳定有着重要意义，且爬行类动物在食物链上处于重要位置，保护好爬行类至关重要。
五源河湿地的鱼类发现29种，其中，鲤科14种，占鱼类总种数的48.28%。此外，入海口段生活着多种适合咸水和淡水交汇环境的海鱼种类。据了解，鱼类在维持湿地生态系统平衡方面扮演着重要的角色，对评价湿地生态系统具有重要的指示作用和价值。不少鱼类由于对水质要求极高，故可作为水质指示剂。此外，五源河流域水环境差异明显，入海口还有对渗透压变化适应的鱼类分布。
